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六年十二月，甘肃巡抚侯东莱，差人把锁南坚错底书信寄来了，原书是西藏文，译文如次：
释迦摩尼比丘锁南坚错贤吉祥，合掌顶礼朝廷钦封干大国事阁下张：知道你的名显如日月。天下皆知有你，身体甚好。我保祐循皇上，昼夜念经。有甘州二堂地方上，我到城中，为地方事，先与朝廷进本。马匹物件到了，我和阐化王执事赏赐，乞照以前好例与我。与皇上和大臣昼夜念经，祝赞天下太平，是我的好心。压书礼物：四臂观世音一尊、氆氇二段、金刚结子一方。有阁下分付顺义王早早回家，我就分付他回去。虎年十二月初头写。（见奏疏八《番夷求贡疏》）
这封书到达以后，居正具奏，已经是万历七年了。他说：
臣看得乌思藏僧人锁南坚错，即虏酋俺答所称活佛者也。去年虏酋西行，以迎见活佛为名，实欲西抢瓦刺。比时臣窃料虏酋此行必致败衄，待其既败而后抚之，则彼之感德愈深，而款贡乃可坚久，乃授策边臣，使之随宜操纵，因机劝诱，阴修内治，以待其变。今闻套虏连遭丧败，俺答部下番夷悉皆离叛，势甚穷蹙，遂托言活佛教以作善戒杀，阻其西掠，劝之回巢；又因而连合西僧向风慕义，交臂请贡，献琛来王。自此虏款必当益坚，边患可以永息，此皆天地祖宗洪庇，皇上威德所及，而臣以浅薄，谬当枢轴，躬逢太平有道之盛，诚不胜欣庆，不胜仰戴。（奏疏八《番夷求贡疏》）
疏中又称锁南坚错所致礼物，不敢私受，“仰乞圣明俯赐裁夺，敕下臣愚遵行，庶不孤远夷归向之诚，亦以见人臣不敢自专之义。”随奉圣旨：卿轴理勋献，宣播遐迩，戎狄咸宾，朕得以垂拱受成，深用嘉悦。览奏，具见忠慎，宜勉纳所馈，以慰远人向风慕义之诚。（《见前疏》）
据敬修《文忠公行实》，锁南坚错即阐化王答赖剌麻。敬修以阐化王与达赖喇嘛，并为一人，这是观念的混淆，居正本人对于其中的分别，看得清楚。《明史·西域传》记锁南坚错事，又言“由是中国亦知有活佛，此僧有异术，能服人，诸番莫不从其教。即大宝法王及阐化诸王，亦皆俯首称弟子，自是西方止知奉此僧，诸番王徒拥虚位，不复能施其号令矣。”大致作者认定锁南坚错即达赖喇嘛，亦知其与阐化王为二人。
居正虽知锁南坚错非阐化王，但是对于他在宗教上的地位，似乎不很清楚。他所注意的，只是锁南坚错底政治作用。他和侯东莱说：虏王乞番僧追贡事，已属本兵议处。渠既系乌思藏一种，自难却谢，但止可照西番阐化诸王例，若欲如北虏贡马，则不可许也。顺义前在宣大，亦曾馈孤以马匹、弓、矢，彼时止托督、抚诸公，以书谢之，量与回答；盖孤职在密迩，义不得与外夷相通。今承寄渠书，亦如宣大例，烦公为孤作一书答之，中间略说渠西行劳苦，既得见佛，宜遵守其训，学好戒杀，竭忠尽力，为朝廷谨守疆場，享寿考太平之福，不宜听后生妄为，自生烦恼。所言番人追贡事，此种僧人，久失朝贡，本当绝之，兹因渠之请乞，特为允许，但止可照西番例，从陕西入贡，若欲如虏王诸部落贡马等项，则不可也；明春可即回巢住牧，自渠行后，西边部落，俱兢兢奉法，惟青把都一种，稍觉参差，以是渠宜早回，约束诸部，坚守约束，以终前功，亦不辜区区数年怀柔抚绥之意也。渠每年赏赐段匹等物，内库俱一一送与孤看过，然后发行，渠安得知之，书中亦可略及此意。外仍希处蟒衣二匹，纻丝二匹，茶百斤，米面下程一分，以犒劳之，见渠书已到也。（书牍十《答甘肃巡抚侯掖川》）
这还是六年年底的事，次年，居正又屡次提起此事：
藏僧求贡事，诚制驭虏酋之一机。承示即入告主上，已荷俞允，其回赐诸物，皆命内库送不谷阅过乃发，圣德柔远之仁，可谓并包无外矣。阐化求封一节，礼部谓彼中见有阐化王，嘉、隆间皆曾入贡，与复封之说相左，恐有诈冒，不得不一行查，可遣使同顺义一人至藏中一查之，当得其要领也。其所遗不谷者，虽不可峻拒，宜奏知圣主而后受之，托掖川公量为酬答，以慰其意。仍希以鄙意传喻顺义，促之早归。建寺一节，似亦可从，俟宣大军门有疏，即为请行。此酋归，则贡市愈坚，而西镇可安枕矣。若将宾兔一枝，携之来归，尤妙，不知彼肯从否？（书牍十一《答贵州巡抚何莱山》按莱山即起鸣，后调山东巡抚。在贵州时无从预闻俺答事，疑标题有误。）
答藏僧锁南坚错遍金纻丝二端、银纻丝二端，此外仍加茶百斤、及细布等物，或再欲从厚，则加一数念珠子。去人不便多费，烦即于抚赏银内处给，可入查盘也。仍乞代为传示，谢其远意。通贡一节，已奏知主上俞允，今且先授禅师之号，后若化虏有功，次第加进，决不吝借。此后中华番虏，合为一家，永享太平，垂名万世矣。其顺义先已传谕，今不审当再谕否？望公以便宜行之。如欲遗以食物，亦即抚赏内处给亦可。（同卷《答甘肃巡抚侯掖川》）
《明史·鞑靼传》称宾兔为俺答之子：“俺答常远处青山，二子：日宾兔，居松山，直兰州之北；日丙兔，居西海，直河州之西；并求互市，多桀骜，俺答谕之，亦渐驯。”俺答诸子，自黄台吉以下，凡有数人：在西边的只有宾兔、丙兔。居正底计划，要俺答把宾兔带到宣大塞外，甘肃便可得到暂时的安宁。总之，对付锁南坚错，无论何如，居正底目光，始终落在鞑靼身上。七年他又说起：藏僧通贡授官给赏事，前启已悉，僧衣图书等项，俱付差人费上矣。俺酋折北于西伐，从此能卷锐以俟再举，策之上也。乃逞忿报复，以致部众离心，势穷力蹙，必致一败涂地而后已，此天将亡虏之征也。请和西番，断不可许。回巢建寺一节，亦只可量助物料，工完，赐以名额。岂有堂堂天朝特为建寺而劝之回巢者乎？凡此皆挟中国以为重，而示威于瓦刺，不可从也。自今劝令回巢之言，亦不必太急。彼既丧败，势不得归，然亦必归。今在西海，不免为贵镇扰，公且耐烦处之。抚赏费用，已属本兵议处，谅彼亦自不能久也。（同卷《答甘肃巡抚侯掖川》）
万历七年二月，神宗发疹。慈圣太后看着病势严重，下令僧侣开坛，设法度众。一个四十岁左右的妇女，认为做些功德，可以“保祐”皇上早日痊愈，本来是一件可笑的事。居正随即疏称“戒坛奉皇祖之命禁止至今，以当时僧众数万，恐生变败俗也。今岂宜又开此端？圣躬违豫，惟告谢郊庙、社稷，斯名正言顺，神人胥悦，何必开戒坛而后为福哉？”（原疏不见《张文忠公全集》，略见《明史纪事本未》卷六十一。）经过这一度驳回以后，戒坛只有停止。三月初，神宗病体大愈，礼部奉旨择于初九日请皇上视朝。初八日，文书官到内阁，对居正口传圣旨：联明日早朝，切欲与先生一见，奈先生前有旨，不在朝参之列。明日未朝之时，先于平台召见，说与先生知之。
初九日黎明，居正至文华殿伺候。神宗召见，居正叩头称贺道：“恭惟圣躬康豫，福寿无疆，臣犬马微衷，不胜欣庆。”
神宗说：“朕久未视朝，国家事多，劳先生费心。”
“臣久不睹圣颜，朝夕仰念，今蒙特赐召见，下情无任欢忻，但圣体虽安，还宜保重。至于国家事务，臣当尽忠干理，皇上免劳挂怀。”
“先生忠爱，朕知道了，”神宗说，一面吩咐赐银五十两、彩币六表里、烧割一分、酒饭一桌。
居正俯服在下面叩头。
神宗又说：“先生近前，看朕容色。”
居正奉命，在晨光嘉微的中间，向前挪了几步，又跪下了。神宗握着居正的手，居正这才抬头仰看，见得神宗气色甚好，声调也很清亮，心里不由地感觉快乐。
“朕日进膳四次，每次俱两碗，但不用荤，”神宗告诉他。
“病后加餐，诚为可喜，但元气初复，亦宜节调，过多恐伤脾胃，”居正说。这位老臣底态度越发严肃了，他郑重地说，“然不但饮食宜节，臣前奏‘疹后最患风寒与房事’，尤望圣明加慎。”
“今圣母朝夕视朕起居，未尝暂离，”神宗说，“三宫俱未宣召。先生忠爱，朕悉知。”
殿上又是一度沉寂。
神宗吩咐道，“十二日经筵，其日讲且待五月初旬行。”居正叩头以后，退出。（奏疏八《召见纪事》。对话用原文。）
神宗和居正的关系，真是密切。居正是皇上底臣仆，同时也是皇上底监护人。平时对于年轻的朋友和晚辈所不便说的话，居正都说了。“先生忠爱，朕悉知，”这七个字出口的时候，神宗也是十分地感动。君臣间这样深切的情感，谁会想到还有变动的一日！
万历七年，宫中的用度，又开始增加。本来宫中金花银，按年由户部送进一百万两，自六年起，已经增为一百二十万了，七年以后，神宗又开始需索。居正看到户部尚书张学颜感觉困难，便毅然地把责任负起，疏称：臣等看得国家财赋正供之数，总计一岁输之太仓银库者，不过四百三十余万两，而细至吏承纳班，僧道度牒等项，毫厘丝忽，皆在其中矣。嘉、隆之间，海内虚耗，公私贮蓄，可为寒心。自皇上临御以来，躬行俭德，核实考成，有司催征以待，逋负者少；奸贪犯赃之人，严治不贷；加以北虏款贡，边费省减，又适有天幸，岁比丰登，故得仓库积贮，稍有赢余，然闾阎之间，已不胜其诛求之扰矣。臣等方欲俟国用少裕，请皇上特下蠲租之诏，以慰安元元之心。今查万历五年，岁入四百三十五万九千四百余两，而六年所入，仅三百五十五万九千八百余两，是比旧少进八十余万两矣。五年岁出，三百四十九万四千二百余两，而六年所出，乃至三百八十八万八千四百余两，是比旧多用四十万余矣。问之该部云，“因各处奏留蠲免数多，及节年追赃人犯，财产已尽，无可完纳，故入数顿少，又两次奉旨取用，及凑补金花拖欠银两，计三十余万，皆额外之需，故出数反多也。”夫古者王制，以岁终计国用，量入以为出。计三年所入，必积有一年之余，而后可以待非常之事，无匮乏之虞。乃今一岁所出，反多于所入，如此年复一年，旧积者日渐销磨，新收者日渐短少，目前支持已觉费力，脱一旦有四方水旱之灾，疆場意外之变，何以给之？此皆事之不可知，而势之所必至者也。比时欲取之于官，则仓廪所在皆虚，无可措处；欲取之于民，则百姓膏血已竭，难以复支：而民穷势蹙，计乃无聊，天下之患，有不可胜讳者，此臣等所深优也！夫天地生财，止有此数，设法巧取，不能增多，惟加意撙节，则其用自足。伏望皇上将该部所进揭帖，置之座隅，时赐省览。总计内外用度，一切无益之费，可�