忠志等率领部下投降，百济全部平定，只有别帅迟受信据守任存城，没有被攻下。
初，百济西部人黑齿常之，长七尺余，骁勇有谋略，仕百济为达率兼郡将，犹中国刺史也。苏定方克百济，常之帅所部随众降。定方絷其王及太子，纵兵劫掠，壮者多死。常之惧，与左右十余人遁归本部，收集亡散，保任存山，结栅以自固，旬月间归附者三万余人。定方遣兵攻之，常之拒战，唐兵不利；常之复取二百余城，定方不能克而还。常之与别部将沙吒相如各据险以应福信，百济既败，皆帅其众降。刘仁轨使常之、相如自将其众，取任存城，仍以粮仗助之。孙仁师曰：“此属兽心，何可信也！”仁轨曰：“吾观二人皆忠勇有谋，敦信重义；但者所托，未得其人，今正是其感激立效之时，不用疑也。”遂给其粮仗，分兵随之，攻拔任存城，迟受信弃妻子，奔高丽。
当初，百济西部人黑齿常之，身高七尺多，勇猛有谋略，在百济任达率兼郡将，相当于唐朝刺史的职位。唐将苏定方攻克百济，黑齿常之率领部下随百济人投降唐朝。苏定方囚禁百济王及太子，纵兵劫掠，成年人多被杀死。黑齿常之害怕，与手下十多人逃归本部，收集被打散的士卒，保守任存山，结起栅栏以加强防守，一月之间归附的有三万多人。苏定方派兵进攻，黑齿常之进行抵抗，唐兵失利；黑齿常之又攻取二百多座城池，苏定方无法攻克这些城池，只好撤回。黑齿常之与别部将沙吒相如各据守险要以响应福信，百济失败后，他们率领部众投降刘仁轨。刘仁轨派黑齿常之、沙吒相如率领他们的部众去攻取任存城，还支援他们粮食和武器。孙仁师说：“这类人人面兽心，怎么可以相信！”刘仁轨说：“我看这两人都忠勇有谋略，注重信义；只是前次错投奔了人，现在正是他们感激立功的时候，不必怀疑。”于是发给粮食和武器，分兵跟随他们，攻下了任存城，迟受信抛弃妻子儿女，投奔高丽。
诏刘仁轨将兵镇百济，召孙仁师、刘仁愿还。百济兵火之余，比屋凋残，僵尸满野，仁轨始命瘗骸骨，籍户口，理村聚，署官长，通道途，立桥梁，补堤堰，复陂塘，课耕桑，赈贫乏，养孤老，立唐社稷，颁正朔及庙讳，百济大悦，阖境各安其业。然后修屯田，储糗粮，训士卒，以图高丽。
唐高宗命令刘仁轨领兵镇守百济，召孙仁师、刘仁愿回朝。百济经兵火之后，家家弊残破，僵尸遍野，刘仁轨命令掩埋骸骨，登记户口，治理村落，任命官长，修通道路，架设桥梁，修补堤堰，恢复陂塘，督促百姓种田养蚕，赈济贫穷的人，赡养孤独无依的老人，建立唐朝的土、谷神坛，颁布唐朝历法和已故皇帝名讳。百济百姓很高兴，全境各安其业。然后又治理屯田，储备粮食，训练士卒，准备进取高丽。
刘仁愿至京师，上问之曰：“卿在海东，前后奏事，皆合机宜，复有文理。卿本武人，何能如是？”仁愿曰：“此皆刘仁轨所为，非臣所及也。”上悦，加仁轨六阶，正除带方州刺史，为筑第长安，厚赐其妻子，遣使赍玺书劳勉之。上官仪曰：“仁轨遭黜削而能尽忠，仁愿秉节制而能推贤，皆可谓君子矣！”
刘仁愿回到京师长安，唐高宗问他：“你在海东，前后上奏事情，都合时宜，又有文采条理。你本是武人，为什么能够这样？”刘仁愿说：“这都是刘仁轨所做的，不是我所能办到的。”唐高宗听了很高兴，给刘仁轨晋升六级官阶，正式任命为带方州刺史，为他在长安建筑住宅，给他的妻子儿女优厚的赏赐，派使者带着用天子玺印封记的文书前去慰劳勉励他。上官仪说：“刘仁轨被撤职后，能为朝廷尽忠，刘仁愿掌握指挥权而能推重贤人，都可以称得上是君子了！”
＇12＇冬，十月，辛巳朔，诏太子每五日于光顺门内视诸司奏事，其事之小者，皆委太子决之。
＇12＇冬季，十月，辛巳朔（初一），唐高宗命令太子每五日一次在光顺门内视察各部门呈奏事情，事情比较小的都授权太子裁决。
＇13＇十二月，庚子，诏改来年元。
＇13＇十二月，庚子（二十一日），唐高宗下令，明年更改年号。
＇14＇壬寅，以安西都护高贤为行军总管，将兵击弓月以救于阗。
＇14＇壬寅（二十三日），唐朝任命安西都护高贤为行军总管，领兵进击弓月以解救于阗。
＇15＇是岁，大食击波斯，拂，破之；南侵婆罗门，吞灭诸胡，胜兵四十余万。
＇15＇本年，大食进攻波斯、拂，将他们打败；向南侵扰婆罗门，吞灭诸胡，拥兵四十多万。
麟德元年（甲子、664）
麟德元年（甲子，公元664年）
＇1＇春，正月，甲子，改云中都护府为单于大都护府，以殷王旭轮为单于大都护。
＇1＇春季，正月，甲子（十六日），唐朝将云中都护府改为单于大都护府，任命殷王李旭轮为单于大都护。
初，李靖破突厥，迁三百帐于云中城，阿史德氏为之长。至是，部落渐众，阿史德氏诣阙，请如胡法立亲王为可汗以统之。上召见，谓曰：“今之可汗，古之单于也。”胡更为单于都护府，而使殷王遥领之。
当初，李靖攻破突厥，迁移三百帐到云中城，由阿史德氏担任官长。至此时，部落逐渐扩大，阿史德氏到唐朝朝廷，请求按照自己的法律立亲王为可汗以统率他们。唐高宗召见他，对他说：“现今的可汗，就是古时的单于。”所以改名为单于都护府，由住在长安的殷王李旭轮遥任都护。
＇2＇二月，戊子，上行幸万年宫。
＇2＇二月，戊子（初十），唐高宗到万年宫。
＇3＇夏，四月，壬子，卫州刺史道孝王元庆薨。
＇3＇夏季，四月，壬子（疑误），卫州刺史道孝王李元庆去世。
＇4＇丙午，魏州刺史郇公孝协坐赃，赐死。司宗卿陇西王博义奏孝协父叔良死王事，孝协无兄弟，恐绝嗣。上曰：“画一之法，不以亲疏异制，苟害百姓，虽皇太子亦所不赦。孝协有一子，何忧乏祀乎！”孝协竟自尽于第。
＇4＇丙午（二十九日），魏州刺史郇公李孝协因犯贪赃罪，赐死。司宗卿陇西王李博义上奏，说李老协的父亲李叔良过去为朝廷牺牲，孝协没有兄弟，恐怕要绝后。唐高宗说：“法律是一样的，不能因亲近疏远而有不同，如果伤害百姓，就是皇太子也不能赦免。李孝协有个儿子，怎么担心没有人祭祀祖先呢！”李孝协终于在住宅中自尽。
＇5＇五月，戊申朔，遂州刺史许悼王孝薨。
＇5＇五月，戊申朔（初一），遂州刺史许悼王李孝去世。
＇6＇乙卯，于昆明之弄栋川置姚州都督府。
＇6＇乙卯（初八），唐朝在昆明的弄栋川设置姚州都督府。
＇7＇秋，七月，丁未朔，诏以三年正月有事于岱宗。
＇7＇秋季，七月，丁未朔（初一），唐高宗下诏，定于麟德三年正月封泰山。
＇8＇八月，丙子，车驾还京师，幸旧宅，留七日；壬午，还蓬莱宫。
＇8＇八月，丙子（初一），唐高宗回到京师长安，来到他任晋王时的旧宅，居留七日；壬午（初七），返回蓬莱宫。
＇9＇丁亥，以司列太常伯刘祥道兼右相，大司宪窦德玄为司元太常伯、检校左相。
＇9＇丁亥（十二日），唐朝任命司列太常伯刘祥道兼任右相，大司宪窦德玄为司元太常伯、检校左相。
＇10＇冬，十月，庚辰，检校熊津都督刘仁轨上言：“臣伏睹所存戍兵，疲羸者多，勇健者少，衣服贫敝，唯思西归，无心展效。臣问以‘往在海西，见百姓人人应募，争欲从军，或请自办衣粮，谓之”义征“，何为今日士卒如此？’咸言：‘今日官府与曩时不同，人心亦殊。曩时东西征役，身没王事，并蒙敕使吊祭，追赠官爵，或以死者官爵回授子弟，凡渡辽海者，皆赐勋一转。自显庆五年以来，征人屡经渡海，官不记录，其死者亦无人谁何。州县每发百姓为兵，其壮而富者，行钱参逐，皆亡匿得免；贫者身虽老弱，被发即行。顷者破百济及平壤苦战，当时将帅号令，许以勋赏，无所不至；及达西岸，惟闻枷锁推禁，夺赐破勋，州县追呼，无以自存，公私困弊，不可悉言。以是昨发海西之日已有逃亡自残者，非独至海外而然也。又，本因征役勋级以为荣宠；而比年出征，皆使勋官挽引，劳苦与白丁无殊，百姓不愿从军，率皆由此。’臣又问：‘曩日士卒留镇五年，尚得支济，今尔等始经一年，何为如此单露？’咸言：‘初发家日，惟令备一年资装；今已二年，未有还期。’臣检校军士所留衣，今冬仅可充事，来秋以往，全无准拟。陛下留兵海外，欲殄灭高丽。百济、高丽，旧相党援，倭人虽远，亦共为影响，若无镇兵，还成一国。今既资戍守，又置屯田，所借士卒同心同德，而众有此议，何望成功！自非有所更张，厚加慰劳，明赏重罚以起士心，若止如今日以前处置，恐师众疲老，立效无日。逆耳之事，或无人为陛下尽言，故臣披露肝胆，昧死奏陈。”
＇10＇冬季，十月，庚辰（初六），检校熊津都督刘仁轨上奏说：“我观察留在这里戍守的兵卒，疲惫瘦弱的占多数，勇猛健壮的占少数，衣服单薄破旧，一心想返回西边家乡，没有在这里效力的心思。我曾问他们：‘以前在西边家乡时，看见百姓踊跃应募，争着要从军，有人请求自备衣服口粮，称为义征，现在的士卒为何这样？’他们都说：‘现在的官府与从前不同，人心也不一样。以前在东西征战中，为朝廷牺牲，都承蒙皇帝派使者吊唁祭奠，追封官爵，或者把死者的官爵回授给他的子弟，凡渡辽海东征的，都赐勋一级。自显庆五年以来，东征的人屡次渡海，官府没有记录，死了也没有人过问他的姓名和死因。州县官每次征发百姓当兵，强壮而富有的人，花钱买通办事人员，都得以免征，而贫穷的人虽年老体弱，却立即被征发入伍。不久前攻破百济及平壤的苦战，当时将帅发出号令，答应立功的人受奖赏，无所不至；等到返回西海岸，只听说被拘捕，被追究监禁，夺去赏赐，免除勋级，州县官吏上门催迫租赋，简直无法生活下去，公私困乏，一言难尽。因此不久前，从海西出发时就已经有逃亡或使自己残废的人，并不只是到了海外才发生这种情况。还有，本来把因征战获得勋级看成一种荣耀；而近年出征中，都让有勋级的人挽舟拉车，劳苦同民夫没有两样，百姓所以不愿从军，大概都由于这些原因。’我又问：‘以前士卒留在这里镇守五年，尚且能够支持，现在你们才经历一年，为何衣着如此单薄甚至露体？’他们都说：‘当初从家乡出发时，只让准备一年用的物资服装，现在已经二年，还没有回家的日期。’我查核军士所存留的衣服，今冬仅可以应付，明年秋季以后，全无准备。陛下留兵驻在海外，想消灭高丽。百济、高丽从前就相互支援，倭人虽远，也互相呼应，如果没有我们军队镇守在这里，他们还会成为一国。现在既凭借士卒戍守，又设置屯田，所依靠的是士卒同心同德，而他们既然有这种议论，如何能指望获得成功！如不有所更改，给予士卒优厚的慰劳，明确赏赐有功，切实责罚