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杜牧又为府兵制的废除而感伤，于是，撰写《原十六卫》，认为：“国家在建国初沿袭隋朝的府兵制度，建置十六卫，统帅府兵。但就现今的制度而言，设官任职却毫无意义，不正是十六卫吗！就府兵制的本来意义说，其实，它是国家的安身立命之本。贞观年间，唐太宗在朝廷设置十六卫，用来蓄养武将；各地设置折冲、果毅府五百七十四个，用来训练储备士卒。边防发生战争，则武将统兵出征；天下太平无事，则武将交出兵权，列居朝廷。武将列居朝廷时，国家授予他们的俸禄和官爵足以奉养家眷，他们统帅的兵马也就散归各折冲、果毅府。折冲、果毅府分为三等，上等不超过一千二百人，春、夏、秋三季士卒从事农耕，冬季进行训练。这样，士卒的兵籍由折冲、果毅府掌管，平时散居于农田之间，力量分散，必然人人珍重自爱。这时，即使让蚩尤当统帅，也不可能让他们跟随叛乱。武将统兵出征时，他们统辖的兵马根据朝廷的诏令征发而来，士卒一方面惧怕朝廷军法的惩罚，另一方面又受朝廷爵赏的激励，两方面相互制约影响，这时，即使蚩尤做统帅，也不可能率领他们叛乱。从贞观到开元的一百三十年间，武将士卒没有发生过叛乱，这正是大圣太宗能够恰当地运用皇权，平衡内外军事力量的轻重分布，使之相互制约，以至圣明地计划和神奇地指挥的结果。到了开元末年，愚腐的儒生们在给玄宗的奏章中说：‘现在天下太平，偃武修文，请求罢废府兵。’武将们的奏章说：‘现在国家兵强马壮，请求讨伐四周的夷族，开拓疆域。’于是，废除府兵，扩充边兵，朝廷的武将和士卒，都大批地奔赴边防，内地空无一兵。这样，导致尾大不掉，外重内轻的局面，安禄山因此而拥重兵于幽州。一旦他发动叛乱，朝廷无力讨伐，疲于奔命，从唐肃宗到敬宗，皇上个个为此而昼夜焦虑。这时，再想讨除却毫无可能了。由此可见，对于武将和士卒，岂能有一天让他们脱离朝廷的控制！然而，国家不能没有军队，而军队又最容易在出征时发动叛乱，在朝廷被人利用来篡夺皇位。如何防止这一点？从古到今，最好的办法，不正是建立府兵制吗！近年以来，朝廷任命节度使，弊端更为严重，无论是商人平民，只要用重金贿赂当权的宦官，就能得到委任。他们既不懂父兄孝悌的儒家伦理，又没有为国慷慨赴难的气概。一旦贿赂打通关节，拥有上百个城池，周长一千里的地方，立刻唾手而得。他们中间，那些桀傲不驯、刚愎自用的节将，肆意扰乱朝廷法制，为了自己不受任何约束，不惜残酷屠害忠正贤良的幕僚；为了不违背自己的意愿，随意称兵作乱，对抗朝廷。另有一些阴险狡诈的节将，则对百姓重税盘剥，然后，委任自己的亲信，用重金交结朝廷权贵。于是，他们的职务便不断升迁，或者由卿大夫而迁任国公，或者由一般的州郡迁升到重要的都市。他们在管辖的区域，俨然像住在自家的别墅一样逍遥自在。如果他们中有一人不幸而长寿不死，那么，百姓就会被任意宰割，毒害于天下。所以，我认为，天下至今战乱不息，百姓穷困潦倒，都是由于这个缘故。鸣呼！当年文皇帝设置府兵制的深远意义，现在究竟谁能真正理解并重新恢复呢！”
又作《战论》，以为：“河北视天下，犹珠玑也；天下视河北，犹四支也。河北气俗浑厚，果于战耕，加以土息健马，便于驰敌，是以出则胜，处则饶，不窥天下之产，自可封殖；亦犹大农之家，不待珠玑然后以为富也。国家无河北，则精甲、锐卒、利刀、良弓、健马无有也，是一支，兵去矣。河东、盟津、滑台、大梁、彭城、东平，尽宿厚兵以塞虏冲，不可他使，是二支，兵去矣。六镇之师，厥数三亿，低首仰给，横拱不为，则沿淮已北，循河之南，东尽海，西叩洛，赤地尽取，才能应费，是三支，财去矣。咸阳西北，戎夷大屯，尽铲吴、越、荆、楚之饶以啖兵戍，是四支，财去矣。天下四支尽解，头腹兀然，其能以是久为安乎！今者诚能治其五败，则一战可定，四支可生。夫天下无事之时，殿寄大臣偷安奉私，战士离落，兵甲钝弊，是不搜练之过，其败一也。百人荷戈，仰食县官，则挟千夫之名，大将小裨，操其余赢，以虏壮为幸，以师老为娱，是执兵者常少，糜食常多，此不责实料食之过，其败二也。战小胜则张皇其功，奔走献状以邀上赏，或一日再赐，或一月累封，凯还未歌，书品已崇，爵命极矣，田宫广矣，金缯溢矣，子孙官矣，焉肯搜奇出死，勤于我矣！此厚赏之过，其败三也。多丧兵士，颠翻大都，则跳身而来，刺邦而去；回视刀锯，气色甚安，一岁未更，旋已立于坛墀之上矣，此轻罚之过，其败四也。大将兵柄不得专，恩臣、敕使迭来挥之，堂然将陈，殷然将鼓，一则曰必为偃月，一则曰必为鱼丽，三军万夫，环旋翔羊骇之间，虏骑乘之，遂取吾之鼓旗，此不专任责成之过，其败五也。今者诚欲调持干戈，洒扫垢污，而乃踵前非，是不可为也。”
杜牧又撰写了《战论》一文，认为：“河北对于天下来说。就像珠宝一样重要；而天下对河北来说，就像人的四肢一样，相互联系而密不可分。河北人的风俗淳厚朴实，擅长作战和农耕，加上那里牧草茂盛，适合繁息战马，地势平坦，便于骑兵作战。所以，河北藩镇只要出征作战，往往大获全胜；而平时农耕，则富饶无比，不必贪图天下其他地方的物产，就可自给自足。这就像一个农家大户，虽无珠宝，但仍然富足。国家没有河北，就失去精良的盔甲、精锐的士卒、锋利的刀剑、优良的弓箭和矫健的马匹，对于国家来说，这是第一肢，失去了兵力。国家在与河北邻接的河东、河阳、义成、宣武、武宁、天平六个藩镇中，屯防重兵，专门用来防遏河北藩镇的叛乱，而不能调作它用，对于国家来说，这是第二肢，又失去了兵力。上述六个藩镇的兵力，总计三十万人，士卒无所作为，只待朝廷衣食供给。这样，从淮河以北，黄河以南，东到大海，西至洛阳，民脂民膏搜刮干净，也才勉强供给，对于国家来说，这是第三肢，失去了财力。与此同时，国家在咸阳的西北边防，也同样屯守重兵，防备吐蕃的侵扰，吴、越、荆、楚等地的赋税，全都被调往供给军饷，对于国家来说，这是第四肢，又失去了财力。国家的四肢全被解除，仅仅留下头和身子，难道靠这两者还能继续维持生命吗？现在，如果朝廷能下决心根治五个方面的弊政，那么，必能一次出战而大获全胜，安定全国，重新恢复国家业已失去的四肢。当天下太平无事的时候，宰相大臣苟且偷安，贪求私利，而士卒流离失所，兵器朽钝。这是朝廷不重视军事训练的过失，也是导致官军出征败北的第一个原因；官军中一百个人作战，但领取军饷的花名册上却有一千个人的姓名，无论大将小将，都公然贪污军饷，吃士兵的空额。为了营私舞弊，他们总是为敌人的强大而高兴，而以官军的失败为娱乐。所以，现在军中真正能作战的士卒很少，而虚耗军饷的士卒却很多。这是朝廷不核实军饷供给情况的过失，也是导致军队出征败北的第二个原因；军队出战稍获小胜便虚张声势，向朝廷奔走相告，虚报战功，请求厚赏。朝廷对将士有时一天之内再次颁赏，有时一月之间多次封爵。因而，官军尚未凯旋班师，而军将的官品已经很高，他们朝思暮想的高官厚禄和田地住宅、金银财宝，甚至子孙的官爵都得到满足，谁还再肯出生入死为朝廷效力！这是朝廷赏赐太滥的过失，也是军队出征败北的第三条原因；军将出征失利后，死伤大批士卒，丢失重要的城市，但一旦逃回京城，却仅仅贬为州刺史了事。他们在国法军法面前，毫不在意，神色自若，不到一年半载，往往又官复原职。这是朝廷惩罚太轻的过失，也是军队出征败北的第四条原因；军队出征时，大将不能集中兵权，朝廷出使前线的宦官和监军却来往指挥，有的亲自率领兵马，有的亲自擂鼓督战，有的说应当摆偃月阵，有的说应当布鱼丽阵，常常争吵不息。三军将士不知所措，往往在徘徊慌乱的时候，被敌军骑兵乘机冲击，大败而归。这是朝廷不能集中兵权的过失，也是军队出征败北的第五条原因。现在，如果朝廷想征调兵马洗刷过去的耻辱，但又仍然沿袭过去的这些弊政，那就如同南辕而北辙，根本不可能达到预期目的。”
又作《守论》，以为：“今之议者皆曰：夫倔强之徒，吾以良将劲兵为衔策，高位美爵充饱其肠，安而不挠，外而不拘，亦犹豢扰虎狼而不拂其心，则忿气不萌；此大历、贞元所以守邦也，亦何必疾战，焚煎吾民，然后以为快也！愚曰：大历、贞元之间，适以此为祸也。当是之时，有城数十，千百卒夫，则朝廷别待之，贷以法度。于是阔视大言，自树一家，破制削法，角为尊奢，天子养威而不问，有司守恬而不呵。王侯通爵，越录受之；觐聘不来，几杖扶之；逆息虏胤，皇子嫔之；装缘采饰，无不备之。是以地益广，兵益强，僭拟益甚，侈心益昌。于是土田名器，分划殆尽，而贼夫贪心，未及畔岸，遂有淫名越号，或帝或王，盟诅自立，恬淡不畏，走兵四略以饱其志者也。是以赵、魏、燕、齐卓起大唱，梁、蔡、吴、蜀蹑而和之；其余混轩嚣，欲相效者，往往而是。运遭孝武，宵旰不忘，前英后杰，夕思朝议，故能大者诛锄，小者惠来。不然，周、秦之郊，几为犯猎哉！大抵生人油然多欲，欲而不得则怒，怒则争乱随之，是以教笞于家，刑罚于国，征伐于天下，此所以裁其欲而塞其争也。大历、贞元之间，尽反此道，提区区之有而塞无涯之争，是以首尾指支，几不能相运掉也。今者不知非此，而反用以为经。愚见为盗者非止于河北而已，呜呼！大历、贞元守邦之术，永戒之哉！”
杜牧又撰写《守论》一文，认为：“现今上奏朝廷的官员都说：‘对藩镇骄横跋扈的武夫悍将，朝廷应当用精兵良将威慑他们，高官厚禄奉养他们，使他们既安心而不敢犯法，既有行动自由而不致于拘谨。就像驯养虎狼一样，只要不违背它们的天性，就不会咆哮伤人。这是代宗大历和德宗贞元年间朝廷安抚藩镇，保持国家稳定的基本方针。因此，又何必一定要通过战争来解决问题，使百姓受尽煎熬而后快呢！’我认为，大历、贞元年间，朝廷正是由于奉行这种方针而深受其害。当时，凡是管辖几十个城池，拥有几千个士卒的节将大吏，朝廷就对他们另眼相看，甚至不惜枉法而加以宽容。于是，这些人自命不凡，口出大言，培植私党而自成体系，违法乱纪而妄自称尊。天子顾忌自己的尊严，视而不问，有关部门为了保持安宁，也不加斥责，反而把高官厚禄无功授予他们。他们不主动来朝参拜皇上，朝廷反而赐给几杖，加以安慰。尤其是对长期割据的河北三镇，不加讨伐，反而把公主嫁给他们的子孙，嫁妆竭尽豪华，无所不备。朝廷对藩镇节�