如果这次能够取得胜利，那么，江陵就不值得担忧了。“卢循当天便从巴陵出发，与徐道覆的兵力会合，然后顺流而下。五月，戊午（初七），刘毅与卢循在桑落州摆开战场，结果刘毅的军队被打得大败。他 扔掉船只，只带着几百名下属步行逃走，剩下的士兵全部被卢循俘虏。他们丢弃的军事物质堆成了小山。
初，循至寻阳，闻裕已还，犹不信；既破毅，乃得审问，与其党相视失色。循欲退还寻阳，攻取江陵，据二州以抗朝廷。道覆谓宜乘胜径进，固争之。循犹豫累日，乃从之。
当初，卢循抵达寻阳的时候，听说刘裕已经回来，还有些不相信。击败刘毅的军队后，才从俘虏的口中得到证实，他和他的党羽们互相对看着面色大变。卢循打算退回到寻阳，攻克江陵，占据这两个州来和朝廷对抗。徐道覆则说应该乘胜直接进攻，并坚持自己的观点。卢循犹豫了好几天，才依从了他的建议。
己未，大赦。裕募人为兵，尝之同京口赴义之科。发民治石头城。议者谓宜分兵守诸津要，裕曰：“贼众我寡，若分兵屯守，则测人虚实，且一处 失利，则沮三军之心。今聚众石头，随宜应赴，既令彼无以测多少，又于众力不分。若徒旅转集，徐更论之耳。”
己未（初八），东晋实行大赦。刘裕招募百姓，充实兵力，酬赏的数量同当年从京口发兵讨伐桓玄时所酬赏的数量相同。又发动百姓营建石头城。有人议论说，应该分出兵力去把守各个交通要道，刘裕说：“敌人兵多，我们兵少，如果分开兵力据守各地，就容易把我们的虚实暴露给敌人，况且一旦一个地方失利，就会使全体军队的士气受到打击。现在我们把部队全部聚集在石头，按照情况的需要，应变行事，这样，既可以让敌人无法知道我们的实力多少，又可以使军队的力量不致分散。如果各地的军队都能够及时地辗转集结，那就以后再说吧。”
朝廷闻刘毅败，人情惧。时北师始还，将士多创病，建康战士不盈数千。循既克二镇，战士十余万，舟车百里不绝，楼船高十二丈，败还者争言其强盛。孟昶、诸葛长民欲奉乘舆过江，裕不听。初，何无忌、刘毅之南讨也，昶策其必败，已而果然。至是，又谓裕必不能抗循，众颇信之，惟龙骧将军东海虞丘进廷折昶等，以为不然。中兵参军王仲德言于裕曰：“明公命世作辅，新建大功，威震六合，妖贼乘虚入寇，既闻凯还，自当奔溃。若先自遁逃，则势同匹夫，匹夫号令，何以威物！此谋若立，请从此辞。”裕甚悦。昶固请不已，裕曰：“今重镇外倾，强寇内逼，人情危骇，莫有固志；若一旦迁动，便自土崩瓦解，江北亦岂可得至！设令得至，不过延日月耳。今兵士虽少，自足一战。若其克济，则臣主同休；苟厄运必至，我当横尸庙门，遂其由来以身许国之志，不能窜伏草间苟求存活也。我计决矣，卿勿复言！”昶恚其言不行，且以为必败，因请死。裕怒曰：“卿且申一战，死复何晚！”昶知裕终不用其言，乃抗表自陈曰：“臣裕北讨，众并不
同，唯臣赞裕行计，致使强贼乘间，社稷危逼，臣之罪也。谨引咎以谢天下。“封表毕，仰药而死。
东晋朝廷听说刘毅被打得大败，人心慌乱不安。这时北伐的军队刚刚回来，将士不是受伤便是有病，而留在建康的战士又不超过几千人。卢循攻克江州、豫州之后，战士达到十几万人，战船战车浩浩荡荡，绵延一百里，仍然看不到头，大的楼船高达十二丈。官军战败跑回来的人都争着传说敌兵的强盛。孟昶、诸葛长民打算护卫安帝渡长江向北撤退，刘裕不同意。当初，何无忌、刘毅迎击从南方袭来的敌军时，孟昶估计他们一定失败，过后果然失败。到了这个时候，他又以为刘裕一定抵挡不住卢循的进攻，大家对他的话都很相信，只有龙骧将军、东海人虞丘进在朝廷中驳斥孟昶等人，以为不是那么回事。中兵参军王仲德对刘裕说：“明公您受上天之命，当国家的辅佐，又刚刚建立了大功，声威震动天下。这些妖贼乘我们国内空虚，公然进犯，听到您带兵胜利归来，自会奔逃溃散。我们如果首先自己逃跑，那么其实就和一个没用的蠢才一样了，蠢才下令，又用什么建立威信呢？这个渡江避难的建议如果被采纳，就请您允许我就此告辞。”刘裕非常高兴。孟昶一直坚持自己的请求，刘裕说：“现在，我们的重要藩镇在外地失败，强大的敌人又步步近逼，人心恐惧不安，没有一个坚定的信心。如果我们一旦向北移动，便自然会土崩瓦解，长江以北的地区又哪里能赶得到！即便是到了那里，也不过是拖延一些时日罢了。现在，我们的兵士虽然很少，却也足够作最后一次决战，如果真的克敌制胜，那我们君臣一同庆幸，如果恶运一定要来，我也应当死在晋室宗庙之前，实现我长期以来以身报国的志向，但决不能逃窜到荒草林野之间只想保全个人的性命。我的决心已经下定，你不要再多说了！”孟昶因为自己的建议不被采纳而恼羞成怒，又因为认定自己这一方必定失败，所以请求先杀了自己。刘裕大怒说：“你打完这一仗，再死也不晚！”孟昶知道刘裕一定不会采纳他的意见了，于是呈上奏表，表明自己的想法：“刘裕北伐的时候，文武百官都不同意，只有我赞同刘裕出兵的计划，致使强大的敌人乘虚而入，使国家的安全受到威胁，这是我的罪过。我只好承认自己的罪责，用以告慰天下人。”把奏表封上之后，他便喝下毒药自杀了。
乙丑，卢循至淮口，中外戒严。琅邪王德文都督宫城诸军事，屯中堂皇，刘裕屯石头，诸将各有屯守。裕子义隆始四岁，裕使谘议参军刘粹辅之，镇京口。粹、毅之族弟也。
乙丑（十四日），卢循大军抵达秦淮河口，东晋朝廷都城内外戒严。琅邪王司马德文都督宫城诸军事，住在中堂大殿处理军务，刘裕则在石头驻扎，其他各位将领各有自己的防地。刘裕的儿子刘义隆只有四岁，刘裕派谘议参军刘粹辅佐他，镇守京口。刘粹是刘毅的同门族弟。
裕见民临水望贼，怪之，以问参军张劭，劭曰：“若节钺未反，民奔散之不暇，亦何能观望！今当无复恐耳。”裕谓将佐曰：“贼若于新亭直进，其锋不可当，宜且回避，胜负之事未可量也；若回泊回岸，此成禽耳。”
刘裕见到许多百姓站在江边看着江中的敌军，觉得很奇怪，问参军张劭这是怎么回事，张劭说：“如果您没有回来，百姓奔逃溃散还嫌来不及，又怎么能站在那里观望呢？现在当然是不再害怕了。”刘裕对各位将领说：“贼兵如果从新亭直接挺进，那么他们的锋芒就不可阻挡，应该暂且回避一下，是胜是负也就不可推测了。他们如果回到西岸去停泊，这就可以擒获了。”
徐道覆请于新亭至白石焚舟而上，数道攻裕。循欲以万全为计，谓道覆曰：“大军未至，孟昶便望风自裁；以大势言之，自当计日溃乱。今决胜负于一朝，乾没求利，既非必克之道，且杀伤士卒，不如按兵待之。”道覆以循多疑少决，乃叹曰：“我终为卢公所误，事必无成；使我得为英雄驱驰，天下不足定也。”
徐道覆请求从新亭进军白石，然后烧掉战船登陆，分几路进攻刘裕。卢循打算以尽可能保险为目的，对徐道覆说：“我们的大军还没有到，只听见一些风声孟昶便被吓得自杀，根据大趋势来说。敌人自会在几天内崩溃散乱。现在，决定胜负也就是一个早上的事，一味凭侥幸在战场投机取利，既不是一定能战胜敌人的办法，又能损伤我的士卒，我看不如按兵不动，等他们上来。”徐道覆因为卢循疑心太重又缺决断，于是叹息道：“我终将被卢公耽误，事情一定不会成功。如果我能有幸为一位英雄卖命奔波的话，天下早就平定了。”
裕登石头城望循军，初见引向新亭，顾左右失色；既而回泊蔡洲，乃悦。于是众军转集。裕恐循侵铁，用虞丘进计，伐树栅石头淮口，修治越城，筑查浦、药园、延尉三垒，皆以兵守之。
刘裕登上石头城，遥望卢循的部队，最初看见他们向新亭方向移动，刘裕看看两旁随从，脸色稍变。后来他看见敌军船只回到蔡州停泊下来，这才高兴起来。于是，他调动各路军队转移集中。刘裕恐怕卢循发动突然袭击，所以采用了虞丘进的建议，砍伐树木在石头城和秦淮河口等地全部立起栅栏。同时，他命人尽快整修越城，兴筑查浦、药园、廷尉三座堡垒，都派兵在那里把守。
刘毅经涉蛮、晋，仅能自免，从者饥疲，死亡什七八。丙寅，至建康，待罪。裕慰勉之，使知中外留事。毅乞自贬，诏降为后将军。
刘毅战败以后，穿过蛮族和汉族地区，历经艰险，仅仅保住一条活命，跟随他的人连饿带累，十个人中也死了七八个。丙寅（十五日），终于赶回建康，等候定罪。刘裕对他善加鼓励安慰，并让他担任知中外留事。刘毅自己请求贬谪，安帝下诏把他降为后将军。
＇11＇魏长孙嵩至漠北而还，柔然追围之于牛川。壬申，魏主嗣北击柔然。柔然可汗社仑闻之，遁走，道死；其子度拔尚幼，部众立社仑弟斛律，号蔼豆盖可汗。嗣引兵还参合陂。
＇11＇北魏长孙嵩征讨柔然，到了大漠以北才回来，柔然军在牛川追上长孙嵩部队并把他们包围。壬申（二十一日），北魏国主拓跋嗣向北进军攻击柔然。柔然可汗郁久闾社仑听说这人消息后，急忙逃走，结果死在路上。他的儿子郁久闾度拔年纪还小，大臣们便拥立郁久闾社仑的弟弟郁久闾斛律，叫做蔼豆盖可汗。拓跋嗣带兵回参合陂。
＇12＇卢循伏兵南岸，使老弱乘舟向白石，声言悉众自白石步上。刘裕留参军
沈林子、徐赤特戍南岸，断查浦，戒令坚守勿动；裕及刘毅、诸葛长民北出拒之。林子曰：“妖贼此言，未必有实，宜深为之防。”裕曰：“石头城险，且淮栅甚固，留卿在后，足以守之。”林子，穆夫之子也。
＇12＇卢循把伏兵布置在秦淮口南岸，命令一些老弱将士坐船向白石进发，并声称全部大军准备从白石登岸作战。刘裕留下参军沈林子、徐赤特戍守南岸，切断通往查浦的交通，命令他们坚守阵地，不要轻举妄动。刘裕和刘毅、诸葛长民等向北出兵迎击敌军。沈林子说：“贼兵这样说，却不一定真这样做，应该多加防备。”刘裕说：“石头城地势险峻，而且淮口的栅栏很坚固，把你留在后方，足可以守住了。”沈林子是沈穆夫的儿子。
庚辰，卢循焚查浦，进至张侯桥。徐赤特将击之，林子曰：“贼声往白石
而屡来挑战，其情可知。吾众寡不敌，不如守险以待大军。“赤特不从，遂出战；伏兵发，赤特大败，单舸奔淮北。林子及将军刘据栅力战，朱龄石救之，贼乃退。循引精兵大上，至丹阳郡。裕帅诸军驰还石头，斩徐赤特，解甲久之，乃出陈于南塘。
庚辰（二十九日），卢循火烧查浦，进兵到张侯桥。徐赤特准备迎战，沈
林子说：“贼兵声言去了白石，却几次来到这里挑战，他们的险恶用心，我们可以猜到。我们的军队人少无法抵敌，不如坚守险要，等待大军